Cursó sus estudios en la Escuela de Artes y Oficios y en la Escuela de Bellas Artes de Barcelona entre 1952 y 1956.
Con un estilo expresionista, expone por primera vez en 1953, y dos años más tarde consigue su primera exposición individual en el Museo Municipal de Mataró. Poco más tarde funda el Grupo Sílex. Se muda a París en 1957 donde estudia grabado y litografía. Es por esta época cuando su obra comienza a adoptar una figuración geométrica en la que solitarios elementos cotidianos aparecen solitarios fondos lisos, generalmente verdes o grises que quedan enmarcados, en algunas ocasiones, en cuadrículas. No recuperará el informalismo hasta la década de los 80.

A partir de 1977 ejerce como profesor de la Escuela de Bellas Artes de Sant Jordi en Barcelona, donde ocupa el puesto de catedrático de pinstura a partir de 1989 y la cual le nombra decano en 1992.
La obra de Hernandez Pijuan forma parte de la colección permanente del MNCARS de Madrid y se puede encontrar en muchas otras colecciones y museos internacionales como en la Marlborough Gallery de Londres, en el Palais des Beaux-Arts de Bruselas en el Guggenheim Museum de Nueva York, en la National Gallery de Montreal, o en el Museo de Arte Moderno de Buenos Aires.
Joan Hernández-Pijuan falleció el 28 de diciembre de 2005.