Ingresó en la Escuela de Artes y Oficios de la capital donde estudia entre 1904 y 1906, posteriormente asiste al estudio de José Moreno Carbonero.
Trabajó para diversas publicaciones como Blanco y Negro y Madrid Cómico. En 1906 viaja a París para evitar ser reclutado, instalándose en el famoso "Bateau Lavoir" donde conoció a Pablo Picasso y a Georges Braque.
Los primeros años consiguió algo de dinero para mantenerse dibujando para las revistas L'Assiette du Beurre y Charavari.
Las influencias de Cézanne, Picasso y Braque hicieron nacer en él el estilo cubista que le haría famoso en el mundo entero. En 1912 realiza sus primeras obras cubistas. En 1913 veraneó con Pablo Picasso en Céret, época en la que empezó a desarrollar la técnica del papier collé (formas recortadas en papel y pegadas al lienzo). En el transcurso de la I Guerra Mundial (1914-1918) trabajó en París, donde, en 1919, tuvo lugar su primera exposición individual.

Entre 1922 y 1924 hizo escenografías para dos ballets de Sergei Diáguilev, Les tentations de la Bergère (Las tentaciones de la pastora) y La colombe (La paloma), paralelamente seguía pintando. Tras 1925 utilizó sobre todo el gouache y la acuarela y realizó algunas ilustraciones para libros.
Juan Gris falleció en Boulogne-Sur-Seine el 11 de mayo de 1927 víctima de la tuberculosis.

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